UCSFImage4 ist ein Programm zur semi-automatisierten Datenerfassung mit dem FEI-Elektronenmikroskop. Es verfügt über eine einfach zu bedienende Oberfläche mit einfacher Einrichtung und minimale Kalibrierung verwenden. Das Programm wurde auf FEI-Mikroskop mit Gatan K2 Summit-Kamera zugeschnitten, arbeitet aber auch mit anderen direkten Elektronenerkennungskameras. Zitierte Publikation. Xueming Li, Shawn Zheng, David A. Agard und Yifan Cheng (2015) Aysnronische Datenerfassung und on-the-fly-Analyse von Dosis-fraktionierten Kryo-EM-Bildern durch UCSFImage. Journal of Structural Biology, eingereicht. Dieses Programm korrigiert Vollbild-Bildbewegung aufgezeichnet mit Dosis fraktionierten Bildstapel. Zitierte Publikation. Xueming Li, Paul Mooney, Shawn Zheng, Chris Booth, Michael B. Braunfeld, Sander Gubbens, David A. Agard und Yifan Cheng (2013) Elektronenzählung und Strahl-induzierte Bewegungskorrektur ermöglicht nahezu atomare Auflösung Single-Particle-KryoEM. Naturverfahren. 10. 584-590. PMID: 23644547. FREALIGN ist ein Programm von Niko Grigorieff Labor für hochauflösende Verfeinerung der 3D-Rekonstruktion aus KryoEM von einzelnen Partikeln entwickelt. Wir haben das ursprüngliche FREALIGN (Version v8.06) so modifiziert, dass es auf GPU-Prozessoren läuft, so dass der Verfeinerungsprozess der Einzelteilchen-3D-Rekonstruktion beschleunigt werden kann. Alle Algorithmen des ursprünglichen FREALIGN bleiben unverändert. Eine detaillierte Beschreibung der Original FREALIGN finden Sie auf der FREALIGN-Website. Zitierte Publikation. Xueming Li, Nikolaus Grigorieff und Yifan Cheng (2010) GPU-fähig FREALIGN: Beschleunigung der Einzelteilchen-3D-Rekonstruktion und Verfeinerung im Fourierraum auf Grafikprozessoren. Zeitschrift für anorganische und allgemeine Chemie. Advanced Publikation online 14. Juni 2010. PMID: 20558298Einfluß der Elektronendosisleistung auf die Elektronenzählung von Bildern, die mit der K2-Kamera aufgenommen wurden, Xueming Li a, Shawn Q. Zheng a. B, Kiyoshi Egami a. C, David A. Agard a. B. . , Yifan Cheng a. . A The Keck Advanced Microscopy Laboratory, Abteilung für Biochemie und Biophysik, Universität von Kalifornien San Francisco, 600 16th Street, San Francisco, CA 94158, Vereinigte Staaten b Das Howard Hughes Medical Institute, Universität von Kalifornien San Francisco, 600 16th Street, San Francisco , CA 94158, Vereinigte Staaten c Graduate Group in Biophysik, Universität von Kalifornien San Francisco, 600 16th Street, San Francisco, CA 94158, Vereinigte Staaten Erhalten 15 Mai 2013, Überarbeitet 12. August 2013, Akzeptiert 13. August 2013, Online verfügbar 20 August 2013A Der jüngste technologische Durchbruch in der Elektronen-Kryomikroskopie (KryoEM) ist die Entwicklung von direkten Elektronenerkennungskameras für die Datenerfassung. Durch die Umgehung des traditionellen Phosphor-Szintillators und der faseroptischen Kopplung haben diese Kameras die Empfindlichkeit und die Detektiv-Quanteneffizienz (DQE) deutlich erhöht. Von den drei derzeit erhältlichen kommerziellen Kameras wurde der Gatan K2 Summit speziell für das Zählen einzelner Elektronenereignisse entwickelt. Das Zählen erhöht die DQE weiter, ermöglicht eine praktische Verdoppelung der Detektorauflösung und eliminiert Rauschen, die durch die variable Abscheidung von Energie durch jedes Primärelektron entstehen. Während das Zählen viele Vorteile hat, geschieht eine Unterzählung von Elektronen, wenn mehr als ein Elektron in der analogen Ausleseperiode (Koinzidenzverlust), die die Bildqualität beeinflusst, den gleichen Bereich des Detektors trifft. In dieser Arbeit charakterisierten wir den K2-Gipfel im Elektronenzählmodus und untersuchten das Verhältnis von Dosisleistung und Koinzidenzverlust und dessen Einfluss auf die Qualität gezählter Bilder. Wir haben festgestellt, dass Koinzidenzverlust niederfrequente Amplituden reduziert, aber keinen signifikanten Einfluss auf das Signal-Rausch-Verhältnis des aufgezeichneten Bildes hat. Es hat auch wenig Einfluss auf Hochfrequenzsignale. Bilder von gefrorenem hydratisiertem archaeal 20S-Proteasom (sim700xA0kDa, D7-Symmetrie), die mit der optimalen Dosisrate aufgenommen wurden, behalten sowohl ein hochauflösendes Signal als auch einen niedrigauflösenden Kontrast bei und ermöglichten die Berechnung einer dreidimensionalen 3.6xA0Aring-Rekonstruktion von nur 10.000 Partikeln. Elektronenkryomikroskopie Direkte Detektionskamera Einzelne Partikel
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